单细胞DNA-Seq分析酶试剂盒Takara


单细胞DNA-Seq分析
品牌 Code No. 产品名称 包装量 价格(元) 说明书 数量
Clontech R300669 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 24 Rxns 询价 单细胞DNA-Seq分析 单细胞DNA-Seq分析 单细胞DNA-Seq分析
Clontech R300670 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 96 Rxns 询价 单细胞DNA-Seq分析 单细胞DNA-Seq分析 单细胞DNA-Seq分析
Clontech R300698 PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 384 Rxns 询价 单细胞DNA-Seq分析 单细胞DNA-Seq分析 单细胞DNA-Seq分析
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单细胞起始的DNA测序文库构建
PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
· 高重现性和准确性:可用于CNV、SNV和非整倍体检测
· 在SNV和CNV检测方面优于MDA技术
· 三小时的工作流程,手动操作时间不到30分钟
· 均匀的高覆盖率,低的等位基因插入率和脱扣率
 
■ 应用:
适用于以下细胞类型的文库制备:
· 癌症研究:循环肿瘤细胞(CTC),激光捕获显微切割(LCM)细胞或DNA,
   以及细针抽吸(FNA)细胞;
· 生殖健康研究:胚胎细胞和循环胎儿细胞;
· 发育生物学:胚胎细胞,干细胞和稀有细胞;
· 宏基因组学和微生物学:微生物细胞,微生物组和环境样品。
 
■ 产品说明:
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit (PicoPLEX Gold) 是一种旨在从单细胞中生成高质量的DNA文库,以便在Illumina平台进行测序的试剂盒。该试剂盒基于PicoPLEX专利技术,优化用于检测拷贝数变异 (CNVs)、单核苷酸变异 (SNVs)、插入缺失 (indels) 和结构变异 (SV)。PicoPLEX Gold kit在SNV检测中表现出比MDA技术更好的性能。
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit不包含index。兼容的 Index如下所述,需要单独购买。
PicoPLEX WGA是一种在全球被广泛用于检测单细胞中CNV的全基因组扩增(WGA)技术。最初,PicoPLEX技术主要用于高再现性的检测非整倍体异倍性和CNV。为了满足准确检测SNV的需求,对PicoPLEX WGA技术中的酶、引物和protocols进行了进一步优化,不仅提升了扩增的覆盖度、一致性、准确性,同时提高了CNV、SNV、Indel和其他SV的分辨率,并且保持了高重现性。
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit可以固定细胞或非固定细胞起始,只需简单的4步操作流程,即可在3小时内完成Illumina NGS文库的构建,且手动操作时间非常短。
 
DNA HT dual index kits
DNA HT dual index kits是与 ThruPLEX或 PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用,用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含Illumina Nextera® XT v2 index序列对应的index引物,最多可提供384种不同的双端index,用于样本混合测序时的区分。其中index引物预先分装在4个的不同条形码标记的index微孔板中,每个微孔板可提供不同的96种index组合 (Code No.R400660-R400663),index微孔板(96N Sets A-D)的每个孔提供的量足够进行一次测序反应;另一种是一套中有24个单独的反应管,每个反应管中包含不同的双端index组合(Code No.R400664),且每个反应管(24N)提供的量足够进行两次测序反应。
 
DNA unique dual index kits
DNA unique dual index kits是与 ThruPLEX或 PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用,用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含“IDT for Illumina UD”对应的index引物,最多可提供96种不同双端index,用于样本混合测序时的区分。index引物预先分装在不同的4组各24个单独的管中,其中每组可提供24种不同index引物组合(Code No.R400665-R400668)。每个index引物管(24U Sets A-D)提供的量足够进行两次测序反应。
 
DNA single index kits
DNA single index kits是与 ThruPLEX或 PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用,用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含与“TruSeq LT set A”序列对应的index引物,可提供24种单端index,用于样本混合测序时的区分。index引物预先分装在不同的2组各12个单独的管中,其中每组可提供12种不同index引物组合(Code No.R400695和R400697)。每个index引物管(12U Sets A-B)提供的量足够进行8次测序反应。
 
单细胞DNA-Seq分析
图1. PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit技术。
PicoPLEX Gold的技术概要。通过step1裂解细胞获得gDNA,通过随机引物进行预扩增 (step 2),然后进行指数扩增得到测序文库(step 4)。
 
单细胞DNA-Seq分析
图2. PicoPLEX Gold的主要特点:高覆盖度,高均匀性,和高重现性 (与A产品技术相比)。
Panel A. 图中显示在不同深度的测序中覆盖的碱基数 (~35M read pairs,PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在较低深度的覆盖度与A产品 (MDA) 相似,在较高深度的覆盖度高于A产品(MDA)。
Panel B. 以gDNA样本 (NA12878) 和单细胞样本 (GM12878) 起始,使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增。相比较于MDA,PicoPLEX Gold显示出更均匀的覆盖度。
Panel C. 评估覆盖度的重现性。与A产品 (右) 相比,PicoPLEX Gold (左) 的在两个单细胞群之间的一致性明显更好。
 
单细胞DNA-Seq分析
图3. 使用PicoPLEX Gold进行高质量单核苷酸变异(SNV)检测。
Panel A. 以单细胞(1c),5个细胞(5c)或15 pg的 NA12878 gDNA起始,比较A产品(MDA),PicoPLEX Gold(PP Gold)和 PicoPLEX WGA(PP WGA)这3个试剂盒之间的SNV检测率。其中1个和5个细胞的测序深度为35M read pairs, gDNA样品深度为40M read pairs。PicoPLEX Gold(蓝色)有高的保真度和覆盖度,与A产品(灰色)和PicoPLEX WGA(紫色)相比,可以高质量的检测更多的SNV(2-9倍),具有明显的优势。
Panel B. PicoPLEX Gold(蓝色)的B等位基因频率的对称分布,以0.5为中心,展示两个等位基因的平衡情况。与A产品(MDA)相比,PicoPLEX具有更好的等位基因平衡(灰色)。
Panel C. PicoPLEX Gold的无偏扩增, 在测试的所有单细胞文库制备的技术中,表现出最低的等位基因脱扣率(假阴性)。
Panel D. PicoPLEX Gold试剂盒中的聚合酶具有高保真度(蓝色),使得等位基因插入率与A产品(灰色)相当,且显著低于PicoPLEX WGA(紫色)。
 
 
Technote:单细胞DNA-Seq分析
 
产品详情请点击:单细胞DNA-Seq分析
 
 
 

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