单细胞全基因组扩增分析酶试剂盒Takara


单细胞全基因组扩增分析
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PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3
· 单细胞(或<15 pg DNA)起始,可获得可重复的结果
· 卓越的等位基因再现性
· 易于使用和自动化
· 应用广泛,可以用于微阵列,PCR等
 
PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以从单细胞扩增DNA,获得高度可重复的文库。细胞裂解和预扩增后,进行低背景的PCR扩增,并在3小时内获得微克级产物。
除了延续之前PicoPLEX WGA Kit可进行高度可重复的拷贝数变异(CNV)分析外,该试剂盒通过使用高保真酶,尽可能减少扩增误差,并能检测单核苷酸变异(SNV)。
 
单细胞全基因组扩增分析
图1. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3技术
 
表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3进行高质量单核苷酸变异(SNV)检测
单细胞全基因组扩增分析
 
以单细胞 (1cell) 和5个细胞 (5 cells) 的GM12878细胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式两份),分别使用PicoPLEX WGA v3,A公司试剂盒和B公司试剂盒,以及bulk gDNA对照制备全基因组扩增产物,进行SNV检测的比较。其中B公司试剂盒虽然制备了足够的扩增产物,但只有5 cells样本中一个包含足够的扩增子进行测序,而其他样本无可用数据进行测序。根据Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 数据库的交叉分析,预计GM12879细胞系总共存在78个SNVs。由于扩增子的设计,2×75 bp的读取长度很短,78个SNVs中的4个未能检测到。因此,检测的SNV总数减少到74个。使用VarDict软件,以≥10reads (10X coverage) 和等位基因频率≥20%为基准从BAM文件分析SNV。与其他两个公司试剂盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丢失率。
(数据来源于Takara Bio USA, Inc.)
 
单细胞全基因组扩增分析
图2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV检测
 
以来自不同细胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的单细胞起始,使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3扩增基因组。之后取1ng的扩增产物,使用Illumina Nextera XT Kit制备文库,并在Illumina MiSeq(PE 75)进行测序。对Fastq文件去除接头序列信息后,与human genome assembly GRCh37进行比对。只分析常染色体。对于这两个panels,校准归一化至100万reads,使用bedtools 2.25.0计算每1 Mb的 bin的reads数。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)绘制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3还显示了可以高品质的进行染色体异倍性分析。
 
单细胞全基因组扩增分析
图3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因组覆盖范围的重现性高
 
以GM12878的单细胞样本起始(一式两份),分别使用PicoPLEX WGA v3,A公司试剂盒和B公司试剂盒扩增基因组。之后取1ng的扩增产物,使用Illumina Nextera XT Kit制备文库,并在MiSeq(PE 75)进行测序。然后与human genome assembly GRCh37进行比对,归一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后,使用bedtools 2.25.0计算每个1 Mb的bin的reads数。对这两个单细胞文库的每个窗口的total read进行绘制,计算Pearson和Spearman相关性并在每个图中标明。
Panel A. 包含异常值的样本。*由于不同技术存在不同的偏差,没有排除相关点,所以图表的比例不同。
Panel B. 排除异常值的样本。与A公司和B公司试剂盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的重现性和覆盖度。
(数据来源于Takara Bio USA, Inc.)
 
 
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